-
岑少宇:《美国科学院院报》到底说了什么?
最后更新: 2020-04-14 10:06:17PNAS论文当然不是“一无是处”,将古生物学已有不少应用的系统发生网络,应用到病毒进化上,算是一点小小的创新。但版纳所的文章用得更早,连软件都是一样的NETWORK(当然具体工具还是有所不同)。
系统发生网络,和一般的系统树相比,一个比较明显的特征,就是样本会出现在节点上,而树的样本出现在末端。系统发生网络在病毒进化中也许可以更好地反映出重组信息。
学术研究会有路径依赖,但我想病毒学家此前没有积极应用系统发生网络的原因,可能不只是这样。样本间两两比较地构建系统树,也许更方便将流行病学调查的数据纳入模型,而这些对病毒学研究是至关重要的。
因此,PNAS论文的这些小创新,很难得到多少喝彩。
这里插播点学术八卦。学术圈很快注意到,这个古生物学方法的迁移很可能来自作者之一、古人类学者Colin Renfrew,而另外三个是Forster一家……
这篇文章呢,正巧是Colin Renfrew以美国科学院院士的身份在自家院报上“贡献”(contribute)的。有人嘲讽说,其实夸师娘的文章都能“贡献”到院报上,我觉得有点夸张了;但“贡献”文章有相当一部分质量不高,这样的说法并不夸张。
另外,《2018 年中国科学院文献情报中心期刊分区表》把PNAS降为了2区,只把Nature和Science留在了1区。
更早几年,有人在学术论坛上说:“PNAS是美国科学院院刊,在上面发文章,美国科学院院士有一定的特权(一年能contribute 4篇),由此导致一些不规范和不公平在所难免。现在国内一些课题组有钱,常请一些美国科学院院士过来交流访问,然后通过这些院士在PNAS上发文章,接着拿着这些文章当作重大成果去申请经费,其中有些文章的水平连专业学科二类杂志的水平都达不到。特权的存在是这么多年来PNAS常被人诟病以及在一些学科领域显得非主流的一个重要原因。”
与国内的这层关系,这是不是PNAS降区的主要原因呢?这只能问中科院了。
八卦到此结束,回到正题。
媒体的乌龙
前面的讨论或许还可归为学术范畴,绝大部分媒体、自媒体工作者“无能为力”,但以下关键性误读还是难辞其咎的:论文作者压根就没有从某一“古老类群”中某地类型的多寡,去谈论起源地。
对于致病微生物来说,某些分支变大,基因多样性变高,不能单单凭此证明来源地是哪里,我之前文章里举过一个例子:
病毒在A地传播,但传播的人数有限,传到B地后,疫情失控,B地的病毒虽然晚,复制的机会却比留在A地的病毒多得多,那么复制出错的机会也就更多,基因多样性也就上去了。
PNAS论文作者当然不会犯这样的错误。我们可以比对论文原文与流传的说法,看看误读到底是怎么发生的。
作者在摘要里说的是:
A类与C类有相当多比例在东亚以外地区被发现。相反,B类是东亚最常见的类型,B类的原始类型似乎没有传到东亚以外,直到最初的突变产生B类衍生型后才传出去。这一现象指向奠基者效应或东亚以外对B类原始型在免疫上或环境上的抗性。
显然,作者在摘要里压根没有提到A类的具体分布,只是简单分为东亚和东亚以外。
作者在正文里说的是:
根据同义突变T29095C(注:就是29095这个位点,有T和C两种突变),A类可以明显分为两个子簇。在T突变子簇里,四个中国个体(来自华南沿海省份广东)携带原始类型,三个日本和两个美国病人与之不同,有一些突变差异。据报告,这些美国病人都在推测是爆发源头的武汉有居住史。
C突变子簇里有相对长的突变分支,包括五个武汉个体,其中两个显示在原始节点里;还包括8个来自中国和邻国的东亚人。然而值得注意的是,C突变子簇里几乎一半(33个里面的15个)的类型,在东亚以外被发现,主要在美国和澳大利亚。
一些媒体、自媒体说A类“更多的”或“主要”是在美国、澳大利亚,实在离谱。仔细看原文就能发现,作者讲到美澳时,只是提了其中一个子簇,而东亚以外的样本,甚至还不到这个子簇的一半。
我都怀疑作者是不是写错了,在那张圆圈大小代表的样本数没有具体标注、T子簇与C子簇也没有标注的烂图上,根本看不清楚啊,一下子还真数不出15/33。
我干脆下了数据表格看,给中国的标上红色,总共12个,包括台湾、香港各1,给美国的标上蓝色,给澳大利亚标上紫色,给欧洲标上绿色。作者原来没写错,非东亚还真是15/33,其中美国7个,澳大利亚5个,两者相加比C子簇总数的1/3,也就是11个多1个。
所以,美澳的“主要”是指A类中的C子簇中的非东亚样本中的“主要”。可一些媒体和自媒体,竟然直接把中间内容全部砍掉了。
此外,从上面两段引文里还可以看到,作者指出A类T子簇、C子簇的原始类型,中国都有份。不管A类是否真的“古老”,从这篇文章中,也无法得出令人满意的关于起源的确切结论。
早在探讨版纳所论文时,就有不少学者指出,美国和广东最早的病例,虽然因为有争议的定根而被误认为更“原始”,但都有武汉旅行史,而且发病时间晚于武汉早期病例。所以,很难说是从那里传到武汉的。
但我们也不能断言,就一定是武汉传过去的,新发现一批早期样本,就有可能产生颠覆性的结果。
这可以充分说明,如我前面所言,早期样本缺失带来了多么大的困境。
总体而言,这篇论文和先前的类似论文一样,由于方法上的缺陷,在学术圈“收获”了一堆批评,而媒体则由于误读,又闹了一次乌龙。
科学的结论依然是,根据现有证据,不知道新冠病毒确切的起源。
-
本文仅代表作者个人观点。
- 责任编辑: 陈轩甫 
-
我国学者合成有机纳米聚合物 将对柔性电子技术产生影响
2020-04-14 07:46 科技前沿 -
美机构研究:新冠与气温关联大,超22.5℃确诊率大幅下降
2020-04-14 07:20 新冠肺炎抗疫战 -
太阳系首个外来客为何形状诡异还突然加速?中国学者提出解释
2020-04-14 07:17 中国科普博览 -
三星将LCD喂给鸿海了
2020-04-13 16:46 TMT观察 -
苹果惠普等两位数下跌,全球PC上季出货量同比降8%
2020-04-13 09:44 TMT观察 -
长江存储“跳级”推出128层闪存,单颗容量1.33Tb
2020-04-13 09:07 科技前沿 -
谣言“5G传播病毒”从何而起?可能来自美国医生
2020-04-13 06:35 5G -
俄暂停对华出口大豆,“粮食危机”一触即发?
2020-04-12 08:46 -
美国科学院院报:暴发根源A类毒株相当多见于非东亚地区
2020-04-11 15:12 新冠肺炎抗疫战 -
荣耀发布旗下最后一款4G手机,售价1199元起
2020-04-09 21:30 手机 -
携手中国移动咪咕,讯飞发布新款智能笔记本
2020-04-09 16:36 TMT观察 -
苹果承诺暑期招聘1000名实习生
2020-04-09 10:09 苹果新“品” -
华为P40系列发布,起售价4188元
2020-04-08 22:32 手机 -
联通、华为发布室内5G Massive MIMO技术
2020-04-08 19:16 大公司 -
进军GPU市场,华为在韩设立“云与计算”事业群
2020-04-08 16:12 华为 -
疫情效应:EUV光刻机没到,三星3nm量产推迟1年
2020-04-07 16:12 科技前沿 -
三星、英特尔纷纷转向,才火了十年的工艺将终结?
2020-04-07 08:30 -
全球组网收官之战!第55颗北斗导航卫星运抵发射场
2020-04-06 15:49 北斗照耀 -
我国一批重大科技工程进展提速
2020-04-05 20:20 大国工匠
相关推荐 -
美方对俄隐瞒了部分信息?克宫回应 评论 30国防部表态:中方不会在南海问题上任菲胡来 评论 161关于ASML出口管制,荷兰首相在华表态 评论 463警惕!“隐秘”的调查暗藏国家安全风险 评论 127最新闻 Hot
-
银河系中心超大质量黑洞,又一张偏振图像来了
-
竟还有这样给他们洗白的:“善良有爱心”、“胆小不敢杀鸡”…
-
“港独分子”作证:他勾结外国反华政客!
-
这个数据,孟买首次超越北京
-
浙大社会学系第3次更新:赵鼎新再度“荣休”
-
美国务院一官员辞职:自焚军人最后的留言让我难以忘怀
-
日本资助的项目被搁置,斯里兰卡:中国承诺帮我们
-
关于ASML出口管制,荷兰首相在华表态
-
耶伦:我要当面“警告”中国,你们东西太便宜,搞得美国企业破产
-
警惕!“隐秘”的调查暗藏国家安全风险
-
普京反问:我们跨越大洋跑到美国边境了吗?
-
“美国暴露了”
-
“为何总觉得你们的生活方式比我们好?甚至连提问方式都…”
-
中企被迫退出竞标,“欧盟借这招威慑外企”
-
他威胁“不停火就断交”,以色列怒了
-
美媒“拆台”:哪有火车?你咋坐的?
-