另据香港《明报》爆料称，港铁为了赶工，不断追加开支。其中，因为图纸变动及地盘状况出现的工程变更，额外耗资118.1亿港元。追回延误赶工，又耗资30亿港元。

而这些开支，全部由政府买单。

第三，则是港铁自身的管理混乱。港铁是香港雇员最多的公司，2000年在香港联交所上市，特区政府是其最大股东，持股比例超7成。2015年1月，香港政府公布的工程检讨报告指出，港铁工程团队的汇报过于聚焦于个别工程合约的进度，而忽视了项目整体的进度监管，以致港铁管理层和香港政府均接收了混乱和误导性的资料。加上并无工程总纲计划辅助监督，连政府部门都被蒙在鼓里。

此外，港铁内部文化也有问题，职员之间不鼓励在没找到解决办法前就将坏消息上报，致使管理层无办法及时察觉危机。另外，沟通失效令问题雪上加霜。工程团队汇报进度时，不能清楚地汇报延误状况，单单依赖工程总监的个人判断。

还有一些专业人士认为，香港高铁的选址方案和建设费用都有问题。根据他们自己的计算，最初的669亿港元预算可以减一半。

谁是输家？

高铁迟迟不能完工，吃亏的是香港政府和人民，但对于港铁公司来说，该工程对它的财报不会产生太大影响。

之前，香港所有铁路项目均采用“拥有权模式”的融资方式，由港铁公司自己负责融资、设计、建造和营运，铁路资产归港铁公司所有。然而，香港政府却在香港高铁项目上采用新的“服务经营权模式”。根据这一模式， 政府拥有铁路资产、支付项目的工程全部费用，并承担建造风险。至于港铁公司，则受政府“ 委托”，只是负责管理该项目的各个范畴，包括铁路的设计、建造、测试和通车试行。

根据港铁2010年同特区政府签订的委托协议，特区政府除负责承担全部成本，还需按照经同意的时间表向港铁支付45.9亿港元。

港铁在2015年中报中表示，“根据高铁香港段委托协议，倘若大幅修改执行委托活动的进行计划有可能导致公司的项目管理责任或成本大幅增加或减少，公司及政府须真诚地磋商以同意增加或视乎情况减少项目管理费……倘若公司收到的项目管理费没有增加，则公司未必能够收回履行高铁香港段委托协议下之责任所增加的内部成本。”这等于是在委婉地告诉港府：45.9亿可能会不够。

高铁竣工后，港铁还拥有50年的运营权。

港铁在财报中说，“工程已经完成了71%”。但这个71%是怎么算出来的？也不知道600多亿究竟花在了哪，港铁并没有披露。反正，钱已经花出去了，工程还没完。港府如今只剩两个选择，要么追加200亿港元拨款，要么让工程烂尾。如果烂尾，善后又要花几百亿。

在香港人看来，特区政府就像港铁公司的“父亲”，高铁工程搞成现在这样，港府沦为笑柄，民众也难以接受，因为最后还要纳税人来埋单。

何亮亮评论称，“高铁的兴建在香港应该带有一个转折性意义……香港的民众，经过这样一个事件，也会更多地来考虑香港到底要怎么样发展。”事实上，也确实有相当一部分港人质疑建高铁的必要性。在这个无底洞面前，说再多同内地接轨的“战略意义”都显得有些苍白。如果工程继续拖延，香港和内地的裂痕势必进一步加深，这是大家都不愿意看到的。

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