-
中国科学家发明基于共价连接适合高通量应用的新型高精度CLIP方法
关键字:(观察者网讯)据观察者网3月5日从中科院网站获悉,1月31日,国际学术期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了中国科学院生物化学与细胞生物学研究所吴立刚实验室的研究成果:SpyCLIP: an easy-to-use and high-throughput compatible CLIP platform for the characterization of protein-RNA interactions with high accuracy。该研究将SpyTag-SpyCatcher这一共价交联系统创新性地应用到CLIP技术中,极大地降低了CLIP技术的难度并提高了所获数据的特异性。研究还对CLIP建库流程进行了重新设计,使之适应于自动化操作和高通量应用的要求。
SpyCLIP为研究细胞内蛋白质-RNA相互作用提供了更为简便、准确的方法
目前已知的RNA结合蛋白已经超过一千种,许多过去被认为不结合RNA的蛋白质近期亦被发现具有RNA结合能力,所结合的RNA对调控这些蛋白质机器的活性发挥了重要作用。CLIP是研究体内蛋白质-RNA相互作用最为先进的方法之一。该方法历经改进,产生了多种变体,但现有CLIP版本均依赖于高特异性的抗体,实验步骤繁杂,通常要采用放射性同位素标记,所获数据的可重复性差,无法规模化应用。因此,研发简洁高效且适合高通量应用的新方法是系统性理解蛋白质-RNA相互作用的关键和当务之急。
该研究采用一种全新的基于SpyTag-SpyCatcher这一共价交联系统的纯化策略,极大地提高了所获蛋白质-RNA复合物的纯度。同时对CLIP建库的流程进行创新设计,避免了传统CLIP方法中多步限制规模化操作和大量损耗起始材料的效率限制性步骤。此外,还引入通用的input文库用以背景扣除,进一步提高了CLIP方法的特异性。这些核心改进不仅避免了现有CLIP方法对抗体的依赖,提高了数据的信噪比和可重复性,并大幅降低了操作的难度和时长,使得SpyCLIP方法能够适应高通量研究的需求。利用SpyCLIP这一新工具,研究人员在哺乳动物细胞中研究了内含子结合蛋白PTBP1和RBFOX2的结合图谱,发现SpyCLIP可以真实、高效地捕获它们的剪接调控位点;研究了组蛋白mRNA专一性结合蛋白SLBP,发现SpyCLIP能以极高的特异性捕获其与组蛋白mRNA的相互作用,并发现了新的非组蛋白结合对象;研究了microRNA效应器蛋白AGO2的结合图谱,比较和揭示了3’非翻译区和编码区microRNA靶位点的机制和特征。SpyCLIP对多种RNA结合蛋白均表现出杰出的灵敏度和特异性,为规模化、系统性研究蛋白质-RNA相互作用提供了一种简洁易用且具备高精度的新工具。
吴立刚为论文通讯作者,副研究员赵雅和博士研究生张尧为论文共同第一作者。该项研究工作得到中科院、基金委和科技部的经费支持。
- 责任编辑:于文凯
- 最后更新: 2019-03-06 09:28:36
-
苹果iPhone XI配置曝光:三摄、水下模式、黑暗模式
2019-03-05 20:10 手机 -
中国空间站安排上了!将首次向国际开放
2019-03-05 19:30 航空航天 -
销量不佳,iPhone再次全网疯狂降价
2019-03-05 18:23 手机 -
张小龙请回答:微信这些功能是咋想的?
2019-03-05 14:27 TMT观察 -
英特尔与紫光展锐5G情断,2大关键因素露馅
2019-03-05 13:49 TMT观察 -
紫光展锐自主研发的春藤510是一款怎样的5G芯片?
2019-03-05 13:37 科技前沿 -
一个“流量”企业的没落
2019-03-05 10:51 TMT观察 -
“一旦某种国产仪器获突破,进口商就求你来买”
2019-03-05 08:20 中国精造 -
玉兔已走了127米,第3天在看石头和自己脚印
2019-03-04 19:09 航空航天 -
今年计划发射8-10颗北斗导航卫星
2019-03-04 17:24 航空航天 -
三星华为折叠屏大比拼:美国网友更爱Mate X,但吐槽也很犀利
2019-03-04 15:18 手机 -
荣耀赵明:小米和华为荣耀不该互相针对 营销要克制
2019-03-04 15:10 手机 -
苹果在5G战略上“沉默”,引发投资者不满
2019-03-04 12:00 科技前沿 -
苹果5G手机即将到来?苹果从台湾订购5G iphone的PCB板
2019-03-04 08:34 手机 -
中国自主研发“新舟”700飞机今年底首飞
2019-03-03 14:42 中国大飞机 -
他为火箭焊心脏:让最核心部件合格率从29%提到92%
2019-03-03 09:38 大国工匠 -
捷龙一号火箭将于上半年首飞 可在24小时内快速发射
2019-03-01 19:45 航空航天 -
航空工业实现PBO纤维国内工业化应用
2019-03-01 19:17 -
diss华为、降低价格,三星手机真的能“重返战场”?
2019-03-01 17:03 手机 -
华为在《纽约时报》等多家美媒登全版广告
2019-03-01 16:09 华为
相关推荐 -
美国享受中国廉价商品的时代要终结了? 评论 113内塔尼亚胡遭以战时内阁成员下“最后通牒” 评论 79“至少一代人不会把西欧视为合作伙伴” 评论 141“美国居然在锯自己骑着的那根树枝,蠢得可怕” 评论 220换一种方式,让国宝“回家” 评论 130最新闻 Hot
-
美国享受中国廉价商品的时代要终结了?
-
美方坐不住:中方维护硅谷巨头的海底电缆,不放心啊
-
内塔尼亚胡遭以战时内阁成员下“最后通牒”
-
“至少一代人不会把西欧视为合作伙伴”
-
换一种方式,让国宝“回家”
-
对抗中国?菲律宾加购5艘日本大型巡逻船
-
“我讨厌‘一带一路’,因为这绝妙的构想不是我们提出的”
-
斯洛伐克总理菲佐遭枪击后,他收到死亡威胁
-
12月6日前裁决,TikTok和美司法部要求法院启动快速通道
-
矛头直指哈尔科夫,普京首次公开俄军意图
-
“我们不承认台湾,今后也不会”
-
加拿大果然想跟,声称“不能给中国留后门…”
-
“美国居然在锯自己骑着的那根树枝,蠢得可怕”
-
法国邀请俄罗斯,英美不满
-
又在搞事,马科斯称菲律宾将“强力捍卫领土”
-
泽连斯基承认:我们很多旅都打光了...
-