蒙巴顿、尼赫鲁甚至伦敦的艾德礼首相都对真纳很不爽，私下里有很多贬斥之词。但当蒙巴顿目睹北方邦的族群仇杀之后，他意识到印度教徒和穆斯林之间的仇恨已经很难化解，分治或许是不可避免了。那么接下来的问题，就是怎么分。而真纳此时已经开始打出他在1943年不愿意接受的巴基斯坦旗号，他的意图未必是分离，应该还是希望英国人从中协调，保障穆斯林的自治权利，同时又有一个权力比较弱的中央政府。艾德礼政府派遣的内阁使团制定的方案与此精神相近，但尼赫鲁不接受这个方案，认为它损害到了国大党对于中央政权的控制和对印度民族的代表，与其接受这个方案，还不如接受分治，然后在混乱中获取最大利益——所以安德森评论道：当穆斯林联盟说分治的时候，真纳想的是邦联；当国大党说统一的时候，尼赫鲁想的是分离。

让蒙巴顿发愁的是，印巴如果分治，穆斯林联盟能够接受成为英联邦的一个自治领，但是国大党早就从1928年以来就拒绝成为自治领，南亚次大陆最大的独立国家退出英联邦，这让大英帝国面子上不太好看。这时候，他的下属、国大党领导帕特尔的盟友V.P.Menon提出一个方案，建议给分治中给国大党更多的利益，但要求独立的印度保留在英联邦之内。同时，可以扔出国大党很少染指的印度土邦，给真纳某些补偿。蒙巴顿听到这个方案喜出望外。他在与尼赫鲁沟通时，引起了后者的一些不满，同样是V.P.Menon出场，修改方案，满足了尼赫鲁的要求。

而这个方案的实质是什么呢？蒙巴顿自己说得很清楚，就是给印度造一座永久性建筑，给巴基斯坦搭一座帐篷。

接下来，印巴分治开始实施。西部的旁遮普地区被分为旁遮普省和旁遮普邦（之后又分为哈里亚纳邦、喜马偕尔邦和昌迪加尔），孟加拉地区则被分为东巴基斯坦和西孟加拉邦，特别是旁遮普地区，历史上未经过分割，产生了极大的混乱。印度教徒地区的穆斯林逃亡至伊斯兰教区，伊斯兰教区的印度教徒和锡克教徒逃亡至印度教徒区，发生了大量强迫迁移和屠杀事例。

孟加拉地区（Bengal）有强大的内部力量要求保持为一个独立的政治实体而不是被分割，蒙巴顿并不排除出现第三个政治实体，真纳也并不反对一个统一的孟加拉国的想法，但现在尼赫鲁坚持，孟加拉只有在属于印度的情况之下，才能够保持自己的完整，甘地也对此予以支持。

克什米尔（Kashmir）地区穆斯林占据绝对多数，如果按照宗教来划分的话，它更应该归属巴基斯坦。而尼赫鲁祖上来自喀什米尔，对这个地方有着某种情感关联。更重要的是，对国大党来说，喀什米尔具有通往中亚门户的战略地位，获取这块穆斯林占据多数的土地，也可以让国大党在意识形态上标榜自己建立了一个跨宗教的世俗化国家，而不是像巴基斯坦这样的更具宗教色彩的国家。其结果，就是一场以维护国家完整为理由的武力扩张。

至于印巴分治过程中的海得拉巴（Hyderabad）大屠杀更是耸人听闻。处于南印度的海德拉巴以穆斯林为主，拒绝加入印度。尼赫鲁派兵进入海德拉巴，军队很快失控，在海德拉巴展开大屠杀，死亡人数据估计在27000人到40000人。议会调查小组的报告被封存，直到近年才引起历史学家们的讨论。

对于安德森来说，南亚次大陆从英国治下独立是件好事，但是印巴分治是一场巨大的灾难。

二

现在的问题是，谁应该对这场灾难负责？ 

印度民族主义者指责，是大英帝国在印度教徒和穆斯林之间“分而治之”的策略，需要对南亚次大陆的分裂负责。安德森指出，这其实是错怪了英国殖民者了。英国殖民者其实更倾向于更低层次单位的“分而治之”。

当近代民族主义影响到印度教徒的时，英国人很欣然地接受了穆斯林对印度教民族主义的反应，给予穆斯林不同的选区。但在此之后，并没有总督刻意地挑动宗教之间的矛盾。对英国人来说，最好的范例是旁遮普（Punjab），在那里存在能够将不同信仰群体连接起来的强烈的区域认同，但最终效忠于英属印度殖民政府。在两次世界大战之间，无论是国大党，还是全印度穆斯林联盟，都很难在旁遮普推进他们自己的民族主义议程。

如果分裂的动力并不是外来的，那它就是内生的。印度民族主义的说法是，穆斯林领导人真纳煽动穆斯林民族主义，破坏了民族独立运动的团结，最终分裂了原本应该统一的国家。但安德森认为，这个看法是错误的。

真纳是印度教徒-穆斯林团结的早期设计师，他在30年代末之前没有多少大众追随。在他获得民望之后，他的想法也更接近某种邦联方案，而不是完全的分离。印度民族独立运动中的分裂是由宗教引起的，但将宗教注入印度独立运动的词汇和想象的人，并不是真纳，而是甘地。是甘地把国大党带成了一个印度教徒占据压倒性地位的组织。到30年代中期，国大党里只有3%的成员是穆斯林。国大党在印度教徒选区拥有极高声望，但在穆斯林为主的地区获得支持甚少。