日本在南海问题（主要是南沙群岛和黄岩岛归属问题）上全面支持菲律宾，同样菲律宾则在东海问题（具体为钓鱼岛问题）上“毫无保留”地支持日本，共同反对所谓“凭借实力单方面改变现状”的尝试，这就是双方所谋求的“增强对华威慑”战略。2012年日本政府对钓鱼岛实施“国有化”措施，从而明显恶化了中日双边关系。而同一年中国与菲律宾在黄岩岛发生船只对峙，2013年菲律宾单方面提起国际仲裁，2016年国际法庭做出非法裁决，日本对此感到欢欣鼓舞，幸灾乐祸，似乎迎来了“盛大的节日”。于是菲律宾在日本的外交优先度上明显提升，这种小鸡肚肠路人皆知。

对日本而言，它与菲律宾越走越近，无疑还有一个不可告人的险恶目的，即在台湾问题上加强对中国的制约。因为菲律宾比日本本土离台湾更近，日本非常希望菲律宾能与其联手炒作“台湾有事”。指望如果一旦发生“台湾有事”，双方之间可开展某种方式的合作。

截至2020年，日本是菲律宾第三大出口国，第二大进口国，第三大投资来源国。在菲律宾所接受的发展合作资金中，来自日本的占一半以上。目前日本还在援建马尼拉的地铁和南北通勤铁路，进一步加强菲律宾的基础设施建设，打造有助于菲律宾可持续增长的社会基础。此外日本还援助菲律宾的公路建设和农业发展水平，力图对提升当地人民的生活水平有所裨益。

在2023年时任首相岸田文雄访菲期间，日本政府决定向菲律宾提供警戒雷达，双方宣布其关系已达“准同盟”程度。这次访菲期间，日方还宣布再向菲律宾提供5艘大吨位巡逻艇。日本之所以如此不惜血本加大对非合作力度，就是着眼于使双方之间的关系制度化，即不管今后出现怎样的政权更替，这一合作都能不受影响持续开展下去。

其实，在现代史上日本也曾给菲律宾人民带来沉重灾难。1941年日军入侵菲律宾，当时驻扎菲律宾的美军与菲律宾军队共同抗击了入侵日军，但此后因补给中断在5个月后被迫投降，日军随即占领了菲律宾。此后日军将7.8万名美军和菲律宾俘虏从巴丹半岛强行押往120公里外的奥唐奈战俘营。行军期间战俘遭遇断水断粮，沿途因饥渴、虐杀和疾病导致约1.5万人丧生，因此这一行军被称为“死亡行军”，与南京大屠杀和泰缅死亡铁路共同并称“远东三大战争暴行”。

1944年至1945年初，太平洋战场局势逆转。美军在马里亚纳海战、莱特湾海战中相继取胜，夺得制海权与制空权。1945年初美军在麦克阿瑟带领下直逼马尼拉。面对美军的攻势，日本驻菲律宾最高指挥官山下奉文下令撤退。然而以海军少将岩渊三次为首的部分海军陆战队及陆军士兵拒绝遵守命令，约1万多名日军留在马尼拉负隅顽抗。1945年2月3日，马尼拉战役爆发，这些被困的日军在绝望中变得疯狂，将战争挫败的怒气发泄在平民身上，展开了系统性的屠杀，遇难平民总数估计约10万至12.5万人——这一暴行史称“马尼拉大屠杀”。

此后直到二战结束，菲律宾因战争死亡人数超过110万。

根据历史上的资料显示，日军曾经在马尼拉大屠杀中杀害了菲律宾至少十万的军民，对当时的菲律宾人和国家都造成了重大恶劣影响。

1945年9月美军协助菲律宾赶走了日本，战败后日本与菲律宾于1956年签署了赔偿协议，两国由此结束了战争状态，直到1976年日本共支付了1902亿日元的赔款。1958年菲律宾总统胡塞·劳雷尔访问了日本，1960年双方签署了友好通商和海运协议。但由于菲律宾人民对日本的深仇大恨尚未消除，所以该协议直到1973年才在菲律宾国会获得通过。

此后进入上世纪80年代后，随着经历过日本侵略和占领的那代人逐渐离去，日本在菲律宾的形象才有所改善。

2008年日本驻美国大使向美国就“巴丹死亡行军”正式表示道歉，2010年时任日本外相也就此向菲律宾正式道歉，日本以为这沉重的一页终于翻过去了。此后日本还撮合菲律宾政府与反政府的“摩洛伊斯兰解放阵线”在日本举行非正式谈判，此后双方达成全面和平协议，反政府武装分阶段解除武装并转型为社会运动组织，时任总统阿基诺对日本的这一努力表示感谢。

其实日本与菲律宾的“相互支持”根本没有任何实际意义。中国海警在南海依法执行维权行动之际，日本海上自卫队和海上保安厅根本爱莫能助；而中国海警在钓鱼岛海域强势巡航之时，菲律宾对支持日本更是完全有心无力。它们彼此之间的这一所谓“合作”，只能起到一种心理上的“自我安抚”作用而已。日本在将菲律宾当作棋子，菲律宾却还以为找到了一个可信赖的“靠山”，自以为在与中国外交周旋中可增加几分底气，其实这完全是一厢情愿，对日本来说就更是如此。

援助二手巡逻艇有什么用，如此建立的“蚊子舰队”能“威慑”谁？小打小闹根本无济于事。日本若真有能耐，就提供几艘上档次的“最上级”护卫舰，菲律宾无力支付就无偿援助，不行就用贷款。这样还能推动防卫产业的发展，也更能显示高市早苗所竭力追求的“强大的日本”。再加上几艘潜水艇，这样才能真正提升菲律宾的海军实力。但问题是，日本有魄力出手这样的大手笔吗？

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