“蓝委”与党中央分裂 

“换柱”风波虽已落幕，但随着洪秀柱赢得党主席补选，“反柱”又再次上演。现任“立委”有许多就是当初“换柱”的主力，现在洪秀柱成了老大，这些“蓝委”当然不服。本届党主席任内已无选举，党主席没有提名权这柄尚方宝剑，因而是弱势党主席，反柱“蓝委”无所顾忌，开始要求党团自主，党鞭由党团“立委”直选，摆脱党中央的控制。  、

过往，党中央管控“蓝委”的制度是成立政策会，由执行长任立院党团大党鞭，督军“蓝委”，使党意能在民意机关得到贯彻，以强化整体战力。政策会执行长也有整合地方党部与智库的功能，以维持党与地方民代的整齐步调。根据党规，党籍“总统”为当然党主席，因而具有“总统”身份的党主席，与“立委”一样也代表民意，因此在领导上较无问题。然而当失去政权，党主席由基层党员选出，便无民意为后盾，于是就发生党意是否能指挥民意的疑虑。

另外，根据“立法院组织法”，“立委”被赋予法律上的正式地位，享有相关法律权利，因而党团可据此拒绝承认其为党的下属机关，保有自主性，党意不能凌驾民意，而这便是立院党团要求自主的主要依据。  “立委”能胜选的关键若是党主席，此问题便不存在。但若不是，问题就大了。 党团要求直选大党鞭，说穿了，就是要脱离洪秀柱的掌控。脱离那个他们不能认同却合法的党主席与党中央。

2016年5月31日，国民党“立法院党团”带着三只“绿猪”霸占“立法院”主席台，抗议民进党政府有意开放含莱克多巴胺美猪进口

于是洪秀柱上任的第一个难题，就是党团出走。洪当然不愿接受自断一臂，于是与党团展开了攻防战。虽然“蓝委”中也有挺洪者，但最终不敌党团压力，由“蓝委”直选出了第一个“自主”的大党鞭，名为“总召”，即原住民“立委”也是直选提案人廖国栋。廖国栋当时还口口声声“只是希望党团自主、更贴近民意，不是与党中央做对”，然而后来的发展，完全就是公开地反党中央，反党主席，国民党成了双头马车，与当初王金平不断声言国会自主，与马英九相互斗争的历史一模一样。

台当局“不当党产处理委员会”2016年11月25日召开临时委员会，会上宣布将“中投”、“欣裕台”等国民党持有股权收归国有。洪秀柱在社交媒体上斥责“这是民进党对国民党的政治追杀”

首先，是党产议题，洪秀柱要求党团焦土战，以“案海战术”瘫痪此案，但虎头蛇尾，民进党又找“万应公”王金平乔，党团最后放水让此案通过，党产立即遭冻结，洪秀柱被迫开始四处找钱救党工的党主席生涯。  然后是两岸政策，洪习会拍板后，党团要求洪秀柱要在洪习会中公开宣扬“一中各表”，行前并需至立院向党团报告。洪秀柱拒绝，党团只好前往党中央开会，并不欢而散。其结果便是折衷处理，于是有了“求一中原则之同，存一中涵义之异”的表述。 

接着是反核食议题，党中央主张以罢免“绿委”的方式出击，党团则相应不理，反去支持郝龙斌的个人秀“反核食公投”。公投活动需要庞大的人力与资金举办，在党产遭冻结的状况下，国民党连党工的薪水都付不出，自然难以推动。但是只要能反柱，“自主”的党团自行其是，主席也莫可奈何。  自诩贴近民意的廖国栋与党团，对抗党意的行动真的获得民意的支持了吗？  根据旺旺中时针对立院朝野党团进行满意度调查(2017.1.15)，其中，国民党团的表现，在“泛蓝”选民的意见上，满意者仅42.3％，不满意则高达55.4％。

党团副书记长李彦秀表示，党中央忙着处理党产问题，后援进不来（党团）。是，难怪“泛蓝”选民对党团不满，因为党产问题火烧屁股，就是因为党团放水，而党中央的后援原本是由政策会操办，党团为了自主，而把政策会踢出党团了，怎么后援？  孽都党团造的，却反怪党中央。 而这个李彦秀，便是公开表态挺吴敦义竞选党主席的“蓝委”之一。