美洲土著医生使用数百种药材和其他植物：将石炭酸灌木（creosote bush）的叶子煮成一种茶，用于缓解如支气管炎、肺炎和肺结核等呼吸道疾病；金雀花拳参（broom snakeweed）的浸泡物被用于帮助妇女分娩；柳叶马利筋（pleurisy root）一般用于多种呼吸问题，是效果极佳的祛痰剂；山茱萸内侧树皮煮沸后冷却得到的提取物，通常用于结肠灌洗；马薄荷（horsemint，又称为香柠檬、蜂香薄荷）的用途多种多样，将其用冷水或热水浸泡后的产物可用于缓解背部和头部的疼痛，制成药膏可用于防治感染，制成漱口水可用于缓解牙痛和牙龈肿痛；将黄刺蓟（yellow-spined thistle）的花煮沸、浓缩后得到的提取物用于治疗皮肤的烧伤、烫伤、褥疮和其他病变；雪松的芽和叶煮沸之后小口饮用可以缓解喉咙疼痛和咳嗽。

自14世纪以来，阿兹特克人统治了如今位于墨西哥中南部的地区。他们也掌握着一个庞大的药材库，而且认为许多疾病形式都是由神和精灵降下来的。疾病的其他来源包括瘟疫、地震、洪水、火山爆发等自然灾害。阿兹特克祭司也认为，疾病不时地“拜访”人类纯粹是神明的玩笑或娱乐，而不是对忘记“ 做礼拜”等罪行的惩罚。为了安抚神明、摆脱疾病，病人可能会被“ 谴责”，“谴责”的方式是鞭打或者使用荆棘或尖刺刺穿皮肤，这一过程可能伴有动物甚至人的献祭。

阿兹特克最常见的“药物”之一就是龙舌兰酒（又名octli），是由被称为龙舌兰（又名maguey 或American aloe）的植物经过发酵得到的啤酒。这种酒通常供统治者或祭司饮用，但也可以提供给任何病人，特别是可以加入其他药材、树皮和树根来帮助缓解隐痛和各类小病的症状。阿兹特克的另一个特色是使用黑色的火山玻璃岩—黑曜石（obsidian），由医生将其研成粉末，并擦到皮肤上用于治疗溃疡、皮疹、伤口。更加特殊的做法是将南瓜属植物、葫芦（阿兹特克语为ayonelhuatl）果肉、鹰粪混合在一起，用于促进孕妇的分娩。

在公元第一个千年中，阿兹特克帝国兴起之前的尤卡坦半岛和中美洲北部地区，玛雅人建成了一个有着复杂医疗体系的先进文明。他们认为身体、思维、神灵在疾病上负有同等责任。比较特别的是，他们认为疾病的部分原因是患者的不良行为或不当行为。治愈疾病需要将仪式、典礼、供奉的神像和起象征作用的供品结合在一起，献给愤怒的神明，以安抚他们的情绪、洗刷自己的罪行。

玛雅人用文字记录了他们的一部分历史和实践。他们的治疗手段非常丰富：使用草药催吐剂（又名vomit-inducers）和泻药（又名bowel-emptiers）清理身体内部，按摩，在蒸汗浴室（类似于北美的蒸汽浴室）中进行“桑拿会诊”。此外，类似于北美文化，玛雅人也有专科医生或巫医，被称为“ 阿人”（ah'man），“阿人”相当于现代的医生、草药师、心理医生和顾问。一名“ 阿人”会花时间陪着病人，询问有关他或她的生活、习惯和行为的详细信息，并会逐渐找到到关注点和问题，比如一段不愉快的关系、抑郁或自我怀疑，这些都可能导致疾病。

“阿人”会使用如里韦亚草（turbina）、仙人掌类的乌羽玉（peyote）等植物和蘑菇，现在我们知道，这些植物都具有致幻性，会使他们进入一种恍惚状态，而他们认为这使他们更接近神明。他们使用较多的植物之一是含羞草属的一种灌木—细花含羞草（Mimosa tenuiflora ；西班牙文为tepezcohuite ；葡萄牙文为vinho de jurema）。它的叶子和种子，特别是根皮经过浸泡、煮沸、烘烤、发酵后，可以用于治疗皮疹、咳嗽、背痛等大量疾病。他们常将植物提取物与动物（尤其是爬行动物）身体的一部分、鸟蛋和鸟粪混合。

南美亚马孙地区的雨林，被誉为世界药用植物的宝库。吐根（Carapicheaipecacuanha）的地面根和根茎，经过处理之后可以充当催吐剂，尤其用于吃了一些令人不适的食物或中毒后的清胃。为了猎食动物，亚马孙的猎人射出的飞镖和箭头上都涂有箭毒（curare，又名ampi），这是一种攀蔓植物—南美防己（Chondrodendron tomentosum）的提取物。其活性成分是D-筒箭毒碱，可以作为肌肉松弛剂，也可以作为手术过程中附加的麻醉剂。南美土著居民也广泛使用古柯树。他们把这些植物的叶子作为一种提神剂来咀嚼，以抵抗疲劳、口渴和饥饿。其活性物质可卡因（cocaine）是一种强大的兴奋剂，在被更安全和高效的化合物替代之前，可卡因在西方医学中主要被当作一种局部麻醉剂。然而，可卡因被当作兴奋剂非法使用，包括“可乐”（coke）和它的游离碱形式“ 霹雳可卡因”（crack-cocaine），极易上瘾，在全世界范围内造成了严重问题。