从上述软件版本的描述也可以看到，软件升级实际上也与硬件有关。而且不光是总线、处理器级，所有软件“触及”的系统都要跟上。对于高度数字化、软件化的F-35来说，这差不多就是所有系统了，包括传感器、动力、武器、系统自检和纠错等。只有在所有相关硬件都到位、而且与软件功能相容时，才谈得上软件升级。但这说起来容易，做到并不容易。

对F-35边设计、边生产、边测试、边修改的情况来说，计划跟不上变化的事情太多。尤其是在测试中发现问题后，修改的结果牵一发动全身，或者使得平行研发而本来期望汇合的两条线真的成了两股道上跑的车。F-35的软件错综复杂，高度整合，实际上两条线可能分叉成四条线、八条线。

从“初始作战能力”向“完整作战能力”的进化并不简单，尤其是一些配套武器装备甚至还没研制出来，等研制出来才能考虑如何去进行机弹配合问题

F-35的软件是飞火推高度集成的，所以飞行性能的“解锁”也是软件功能的一部分。Block 2B的升限为40000英尺，3F为50000英尺；2B的空速限制为700节/550节/550节（F-35A/B/C），3F为700节/630节/700节；2B的马赫数限制为M1.6/M1.2/M1.2，3F全部为M1.6；2B的过载限制为7g/5.5g/7.5g，3F为9g/7g/7.5g。

显然，要到3F才能把全部飞行性能解锁到设计水平。2017年6月巴黎航展上洛克希德试飞员卖力的飞行表演使得很多人失望，是否达到最终水平众说纷纭，辩护者通常首先指出的就是2B的飞行性能限制。当然，也有猜想洛克希德为了表演效果而特意关闭有关限制，表演已经超能力发挥了。不管实情如何，对于一般的空军飞行员来说，任意关闭软件限制是不可能的，软件版本对飞行性能的限制是实打实的。就为这，也需要从2B升级到3F。

虽然F-35的表演动作设计颇为复杂，但整体给人的感觉，这是一套套路极为复杂的“太极拳”，完全没有高机动战斗机一套虎虎生威的“军体拳”的感觉……

F-35爬升率数据简直就是……惨不忍睹……都已经和F-5E差不多了……

但是，在9月18日的美国空军年会上，F-35联合项目办公室（简称JPO）主任麦特·温特海军中将指出，部分现有F-35需要多达150-160处改动，才可能把软件升级到3F。温特没有具体说明需要什么样的改动，一般认为至少包括数据处理器，但这怎么算也不可能算出150-160处改动。

温特提议把未来投资集中在接下来的扩大生产上，而不是返工、升级现有F-35。当前的生产高峰涉及900多架F-35，这些飞机将直接按照3F要求制造，作为一线作战使用的战斗机交付。但“不适宜”升级的早期F-35索性不升级了，用作训练。JPO预计，从2018年开始，洛克希德的F-35年产量将达到130架，以后还将继续增加。洛克希德实际上也可能缺乏足够的力量，对大量早期F-35进行返工、升级。

这样的做法倒不是没有先例的。F-22也在软件升级中，但36架将保留在Block 20状态，其他149架升级到Block 30/35状态。前者留作训练，后者作为战备值班主力。也就是说，“训练规格”的F-22约占总数20%，“作战规格”约占80%。对于F-35，准确地说，不是所有已经生产的F-35都不适合升级，而是其中一部分。到2017年3月为止，洛克希德已经累计交付了231架F-35，其中136架F-35A，64架F-35B，31架F-35C。JPO没有具体说明建议放弃升级、留作训练的F-35的数量和A/B/C型号的分布。