这一时期，叶剑英还利用自己的职位为中共革命保留了一支重要武装力量。

事情原委是这样的，国共第一次合作时，在武汉成立了中央军事政治学校武汉分校，全校师生4000余人，中共在校内建立了较为健全的组织。汪精卫反共后，该校师生中已暴露身份的中共党员先后撤走，其余人员被编成第二方面军教导团，全团编成三个营，以及炮、工、辎重和警卫各一个连，另有一个约30人的女生队，团内有100多名没有暴露身份的共产党员。团长由二方面军参谋长谢膺白兼任。

南昌起义后，教导团赶到九江。叶剑英在与谢膺白的一次聊天中，谈到教导团问题。谢满腹牢骚地说，这个教导团不好管，我早就不想兼这个团长了。叶听后，急忙去找张发奎，告知谢膺白的想法，表示自己想接手。在那样一个年代，谁多支武装，谁说话的嗓门就能高点，更何况叶剑英还是自己比较看好的人，于是张发奎答应了叶。

叶剑英就任教导团团长一职后，了解到教导团因武汉国民政府的“反共”政策，不少人觉得前途渺茫，纷纷离队，就召开大小会议，耐心劝导。叶过去的辉煌经历使他的人格魅力得到了团里官兵的认可，浮动的人心逐渐稳定了下来，已经离开的听说叶剑英担任团长后又回来了，达到了2000余人的规模。

教导团在九江稍事整顿后，开赴南昌。南昌是朱培德的地盘，在起义中吃了共产党亏的朱培德知道教导团的到来后，向张发奎提出解除教导团武装的要求，因为朱培德之前了解到这个团里有不少共产党人。叶剑英得知后，面见张发奎，提议将教导团名字从二方面军教导团改为第四军教导团，直接并入第四军建制，并承诺自己将严加管束。得到张发奎同意后，他又去找朱培德，表示自己将会在教导团内开展整肃和清党行动，保证不会在南昌闹事。朱培德知道叶的能耐，也不愿意把关系搞僵，于是勉强同意了。

就这样，这支共产党掌握的武装保留了下来。

8月中旬，叶剑英率教导团沿赣江南下广州。此时的叶剑英心里已经有了自己的打算：把这支部队带到广州，在那里举行武装起义，按他后来的说法，就是“到敌人的心脏里暴动”。9月中旬，他们到达广东南雄。叶剑英先去广州筹备起义事宜，教导团驻扎在花县新街进行整训。

叶剑英抵达广州后去见张发奎。第四军副军长陈可钰跑去见张发奎，说叶剑英这个人靠不住，过去蒋介石对他那么好，结果他反蒋，这个人留不得。张没有听，让叶继续担任四军的参谋长。

1927年12月10日凌晨，教导团打响了广州起义的第一枪。叶剑英正式结束“卧底”身份，作为广州起义的主要领导人，他旗帜鲜明地举起了共产主义大旗。

话题再回到南昌起义，如果没有叶剑英的情报，不明就里的叶挺、贺龙二人很可能就上庐山开会，他们的部队就会按张发奎命令的那样向德安集中。这两支中共当时所倚重的主力如果都到不了南昌，那南昌起义实施的可能性几乎为零。

在后来的军事政治生涯中，叶剑英类似行为还有多次，充分体现他在历史的“大关节”处明断是非，果敢抉择，谋虑缜密的一贯做事方式。所以，毛泽东评价他是“诸葛一生唯谨慎，吕端大事不糊涂。”

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