继反对服贸掀起大风波之后，台湾民间团体再向政院版《自由经济示范区特别条例》草案宣战。反黑箱服贸民主阵线、台湾劳工阵线等民间团体5月2日表示，自经区让大陆资金、劳工、货品、服务业等进入台湾大门，自经区形同“自杀区”，民间团体宣称，随时恭候台湾“发展委员会主任委员”管中闵来辩论。包括反黑箱服贸民主阵线、台湾劳工阵线、民间监督健保连盟，台湾教授协会等民间团体将于8日召开研讨会，讨论自由经济示范区将成为另外一个黑箱服贸等议题。 岛内商界则表示，最关切台湾经济开放的进度，而服贸协议和自由经济示范区是最重要课题。

前民进党主席林义雄4月30日宣布停止绝食，号召支持者阻止“立法院”通过“自由经济示范区特别条例”。

民进党方面称，并非反对自经区，而是认为应该逐条讨论；反黑箱服贸民主阵线等团体2号上午举行记者会，点名自由经济示范区特别条例，称4月28日在“立法院”初审时会议“主席”、国民党“立委”黄昭顺21秒就通过三项条文，是第二个“黑箱服贸”。

民间团体强烈要求“行政院”提出修正版本，不要急着通过自经区条例，他们批评政府现在的做法是践踏民主。除了正式向“行政院”提出的自经区宣战，还喊话要和“发展委员会主任委员”管中闵直接辩论。台湾劳工阵线秘书长孙友联说，“如果管爷认为自经区是救台湾经济的良方，我们随时恭候辩论，在街头也可以。”孙友联批评自经区是行政滥权、扼杀农业、毁弃环评、鼓励圈地徵收，更将医疗与教育彻底商品化、破坏租税公平，为大陆资金、劳工、货品与服务业进入台湾大开后门。

对于民间团体力阻“自由经济示范区特别条例”，管中闵回应，他对自经区内涵有信心，也相信能说服民众。反对意见只要有道理，“发展委员会”都愿意聆听且修改。

管中闵解释，自经区与货贸、服贸有极大差异；自经区是面对国际，目标也是国际，而非仅是两岸。像示范产业中的“智慧物流”，已有新加坡与日本企业来询问；“金融服务”有英国、新加坡等业者感兴趣。另欧洲商会也对“教育创新”兴致勃勃，想引进欧洲好的学校协助台湾培育人才。再者，自经区是部分开放，仅是“六海一空”与“试点开放”，而非像货贸与服贸是全面开放。

管中闵认为，目前反对自经区的论点，部分仍停留在该条例未修改前的旧内容，与事实根本不符。接下来自经区的分区说明会，与对网络内容的回应都会持续进行，不会减弱与外界沟通力道。

“行政院”5月2日公布“经贸国是会议”顾问小组名单，台湾商总理事长赖正镒、中小企业总会理事长林慧瑛在列，且不约而同表示，最关切台湾经济开放的进度，而服贸协议和自由经济示范区是最重要课题。赖正镒指出，针对“国是会议”，他最关心服贸协议进度，希望能尽速通过，并展开后续货品贸易谈判，台湾才不至于边缘化。赖正镒认为，台湾人应对开放有信心，尤其应善用大陆13亿人口市场，下一步是对全球市场开放，才能逐渐与国际经贸接轨。同样是区域开放，林慧瑛则是担忧推动自经区的进度过慢。她认为若两岸能够对接，台湾经贸才有驱动力。

林义雄4月30日宣布停止绝食