随后，美国开始对古巴实行初步经济制裁，中情局同时开始秘密负责“冥王星”计划的执行。政治上，中情局试图将所有流亡古巴难民派别组成统一的古巴流亡政府，进行强大的广播宣传，它主要为美国秘密军事行动提供掩护和作为集结反卡斯特罗的古巴人的一个支撑点。在美国的古巴人当中，存在有大约184个不同政治派别，成份非常复杂，有前巴蒂斯塔的支持者、温和派改革派人士，以及原教旨自由主义者等等，而许多主要的政治派别却拒绝加入这一流亡政府。

随着古巴革命形势的发展，1960年4月，中情局开始在迈阿密挑选有关的训练人员，并把佛罗里达的乌泽帕岛作为测评和接收古巴准军事人员的地点，这些准军事人员并在新奥尔良、迈阿密、华盛顿郊区，以及地形接近古巴的危地马拉进行准军事和间谍方面的训练。

在卡斯特罗政权“左转”的过程中，古巴内部已经出现反对派团体，并开始从事游击战。但古巴革命政府拥有极高的民意支持，民兵数量众多，能够有效地监视可疑活动，古巴的间谍和反间谍能力也随之大大提高，反对力量的行动也变得更加困难。1960年9月28日，美国首次向古巴一位具有相当实力的抵抗领导秘密实施空投武器，但此举反而暴露了游击队所在的位置，游击队迅速被古巴军队剿灭。

1961年，卡斯特罗（右）和传奇革命家切·格瓦拉的经典合影

行动的失败使中情局负责计划的官员认识到，实施空降和游击战是没有前途的。但中情局还是乐观地认为，古巴尽管民兵数量众多，但没有经过训练，士气低落；古巴常规军力战斗力也相当有限。如果对古巴发动大规模进攻，或许还有推翻卡斯特罗政权的一丝机会。1960年10月后，中情局计划的重点开始向公开发动攻击的计划转变。负责训练计划的官员收到了来自华盛顿的中情局的电报，指示把从事训练的游击队员减少到60人，其余人员全部作为两栖和空降攻击部队进行常规训练，并确认了登陆军事行动比其他任何行动具备优先选择的地位。

尽管艾森豪威尔政府没有批准入侵，但它制定了“冥王星”计划，也同意计划向两栖登陆入侵计划转变，这些都影响了肯尼迪政府未来的决策。艾森豪威尔总统也希望肯尼迪支持入侵古巴，并且在任职的最后几天加强了对卡斯特罗的压力。1961年1月3日，美古断交。而中情局后来制定的大规模入侵计划，构成了肯尼迪政府1961年4月17日实施的猪湾军事行动计划的核心。