不过这一回他的表现却并没有完全成为总统的得力助手。在“9·11”恐怖袭击以后的那几年里，美国展开了自身历史上规模最大的反间谍和反恐怖主义行动，当时刚刚设立的国土安全部也获得了空前的权力，不仅在国外建立了诸如阿布格莱布和关塔那摩监狱这样的大型监狱用于关押和审讯恐怖分子，还展开了针对国内外甚至美国公民的大范围大规模监听。这样的行动在反恐战争初期被认为相当必要，但随着反恐战争的开展，美国国内有关如此大规模监听是否必要，以及政府行动是否合法的争议也愈演愈烈。

科米（左）与美国国家安全局（NSA）主管迈克尔·罗杰斯（右）。科米曾因不配合NSA的行动而被后者认为是“刺头”

在这一过程中，科米这样受过系统法律教育的司法机构人员的态度就显得不那么配合。就在这一时期的2004年，他拒绝批准延长国家安全局（NSA）的一项秘密监听项目。为此他甚至曾和一些执法部门高官一起威胁辞职，其中就有现任联邦调查局局长罗伯特·米勒。他的这一做法也得到国会内不少议员、尤其是民主党议员的称赞。

随后不久，科米就在2005年辞职离开了司法部，当然这倒不是因为科米对司法部的工作有什么不满，而更多是处于经济利益考虑：他成为了向五角大楼提供军火的头号供应商——洛克希德马丁公司的副总裁和法人代表。2010年之后几年，他先后在一家对冲基金公司、哥伦比亚法学院谋职任教，并在2013年3月开始担任汇丰银行的董事。而在此之后不久，他就接到了美国总统奥巴马的任命，成为了美国联邦调查局的局长。

2013年9月4日，时任总统奥巴马任命科米为美国联邦调查局局长，任期十年

不过似乎是受了长期在司法工作“坚持独立”的影响，或者是作为一名共和党人的自觉，科米上任后同样没有对奥巴马言听计从。2014年8月9日，弗格森镇手无寸铁的18岁黑人青年布朗被白人警察威尔逊枪杀，这起事件在弗格森引发严重骚乱，并迅速波及美国各地，纽约、洛杉矶、费城、芝加哥等34个州的90座城市爆发抗议示威，引起全球关注。

弗格森骚乱事件引发全美一场有关种族问题、治安手段的论战，总统奥巴马、司法部长霍尔德以及联邦调查局局长科米都参与其中。而其中科米的态度就明显与奥巴马不一致。他认为，总统批评地方警察执法是绑住了警方的双手，并在预防犯罪方面是事倍功半。

科米曾在希拉里的“邮件门”中扮演了重要角色

因为这种为保持独立性甚至不惜与美国总统对抗的性格，导致了他在调查希拉里“邮件门”时受到共和党和民主党的不满。根据2016年11月7日英国《每日邮报》网站报道，在白宫高级顾问瓦莱丽·加勒特的一再建议下，时任美国总统奥巴马同意在大选结束后就解除科米的职务——实际上面对科米宣布重启“邮件门”调查的决定，奥巴马一开始不愿意解雇科米的原因，只是因为爱惜自己的羽毛——他不想因此面临妨碍司法公正的指控，但他最后还是下令顾问团起草了解雇科米的方案。后来希拉里败选时也公开指出，科米的调查是其失败的重要因素。

而在司法部内部，许多同样认为司法体系应该保持独立的“老同志”，也认为科米的调查是利用美国官方权力对选举的干涉。英国路透社曾经引述一位司法部退休官员的话称，“他们一致认为科米的愚蠢决策——在没有掌握确凿证据的情况下重启调查，在没有咨询副手意见的情况下结束调查——着实令人惊愕，并且严重妨碍了专业执法人员和检察官的工作……不论科米之前享有怎样的支持或公信力，现在都已经荡然无存了……他伤害了联邦调查局的利益。只有奇迹发生，他才能躲过这一劫。”

如此说来，如果不是特朗普赢得了大选，那么科米甚至连美国总统就职之后的这一百多天都待不下来，而是早就被留守的奥巴马以一纸辞呈赶出联邦调查局了。从这个角度看，科米在大选后就要卷铺盖走人，似乎是一件早已被共和党和民主党“双重确定”的事情，他对“通俄门”调查的认真与否，只是决定了这份辞呈是找人走路送来还是直接塞进档案里而已。

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