她为自己给包括研究所和同事等人带来的麻烦致歉，但一再强调STAP细胞的真实性，并对研究所的调查结果表示不服，声明不同意撤稿。

【3—5月】日本整肃科学界：小保方事件引发学术监管改革

小保方晴子从“国宝”、“日本居里夫人”跌堕至此，在日本引起极大轰动。4月14日，日本最高科学政策组织——科学与技术政策理事会（CSPT）呼吁树立研究人员的学术诚信，并要求从制度上防范、应对学术不端，以重建公众对科学的信心。民众对干细胞界的痛打落水狗情绪高涨，自整顿启动以来，接连有科研人员公开道歉。

【4月29日】山中伸弥就14年前论文问题公开致歉，并否认存在捏造

【5月28日】小保方晴子同意撤回一篇STAP论文

5月28日，小保方晴子终于同意了撤回关于STAP两篇论文的其中一篇。曾经要求撤稿的共同作者笹井芳树表示“我不会反对撤稿。”然而讽刺的是，小保方晴子同意撤回的并不是RIKEN调查发现存在篡改行为的那一篇——她仍然坚持那篇建立STAP细胞制备方法的论文是正确的。

【6月3日】最新检测结果显示，STAP干细胞根本不存在！

若山照彦提供了20个干细胞系（包括小保方的8个在内）给一家匿名的独立遗传分析小组，小组进行基因检测之后，给STAP判了死刑：所有干细胞系都与论文声称的小鼠品系不符，STAP不存在。

【6月12日】小保方晴子事件或导致理研发育生物学中心关闭

6月12日，事件殃及小保方所在单位。RIKEN发育生物学中心在日本神户召开新闻发布会，称为了防止再次出现学术丑闻，该研究中心可能需要关闭。理研的调查委员会推测，研究者是为了制造突破性的研究成果而草率发表了研究成果。