为适应较大城市特殊行政管理的需求，《地方自治法》为这些城市制定了一系列特别规定，以便与普通市（町、村）的有关规定相区别。政府通过颁布政府法令等手段，将大城市分为若干类别。

1956年修订的《地方自治法》规定了“政令指定都市”制度。每个“政令指定都市”被划分成几个行政区（与特别区不同）以方便行使城市政务，并设行政区办公机构，聘用行政区长官及其他公务人员进行管理。在这些城市中，有超过18项以上的、一般属于县及其知事的职权范围的公共事务（福利、卫生、城市规划等）的职权被转移到该城市的决策和行政机构中。而这些职权除此之外，一些法律还授权将其他一部分属于县级的管理职权转移到此类城市，这实际上是按与“县”同等的级别来对待这些城市。

具体来说，政令指定都市的特殊事权有：设置儿童咨询所，管理指定区间外的国道、县道，批准商业区开发，决定县财政负担的教职员的任免和薪金，等等。

第二大指定类别为“中核市”。其大部分职责与政令指定城市相同。具体来说，中核市的特殊事权有：老人特别护养院设立的审批和监督，交付残障人士手册设置保健所的市承担的事务（餐饮店营业等的许可，温泉利用许可，保持和增进地域住民的健康），商业区区域以及商业区调整区域内开发行为以及建筑的审批，噪音管理区域和基准的规定，一般垃圾处理设施和工业垃圾处理设施的审批，根据条例对户外广告设置的限制，等等。

第三大指定类别是“施行时特例市”。“施行时特例市”在环保和城市规划行政领域，拥有与“中核市”相似的权限。

 一般来说，特别区处理的事务与市町村一样。但是，东京都出于大都市行政的一体化和统一性的考虑，要承担一部分必要的市的事务，比如，上下水道建设的管理、都市规划的决定（上下水道、电力煤气供给设施、工业废弃物处理设施等）、消防等。而像一般废弃物的收集、运输和处理等事务则由都转移给特别区。

二、财政支出责任的划分

在确定了各级政府事权与职责范围的基础上，日本的《地方财政法》规定了各级政府在提供各种公共服务时的经费负担（支出责任）的几种情形。

有的支出责任由于事权的地域性或范围相对清晰而比较明确。比如，中央政府事务费用原则上由中央财政负担（有时地方财政也会负担一些），而地方政府事务所需要的经费由该地方政府全额负担。其中，用于议员选举等完全涉及国家利益、而地方政府没有负担义务的经费全部由中央财政负担。

这些经费包括：国会议员选举、最高法院法官的国民审查及国民投票的经费，国家进行的专项统计调查经费，检疫经费，医药品检定经费，毒品取缔经费，国民养老金、雇佣保险以及儿童抚养特别补助金，调整土地的农业利用目的经费，未归国日本人调查费。而对地方政府进行的没有处理权限的事务经费，国家不能让地方政府负担这些经费。这些经费包括：国家机关的设置、维持和运行的经费，警察厅需要的经费，防卫省需要的经费，海上保安厅需要的经费，司法及行刑所需经费，国家教育设施及研究设施所需经费。

另外一些事权由于有交叉性，情况就比较复杂。比如，地方政府所处理的事务既涉及本地利益又涉及国家利益的，中央政府要负担其全部或部分费用。具体又分为以下3种情况：

对国家和地方政府有利害关系的20多项事务，国家负担全部或一部分经费。涉及的领域主要包括：义务教育职员的工资，义务教育学校建筑物建设经费，生活保障经费，预防传染病的经费，预防临时接种的经费，精神保健和精神病患者福利需要的经费，毒品慢性中毒者的医疗经费，残障人士的护理支援经费，女性咨询所经费，高龄老年人医疗、住院饮食疗养、生活疗养等经费，儿童补助金经费，森林病虫害防治经费，等等。