那么反过来再看之前发表的古蛋白数据和古DNA数据，我们为什么要重新去分析他呢？一个很重要的原因，如果他的数据是可靠的，分析结果是可靠的，那对于我们来说也很高兴，就证明丹尼索瓦人就是龙人，因为龙人是一个正式命名的有效的物种。

但问题在于，数据到底是不是可靠？这个是我们非常关心的，所以就把数据拿来分析。现在的很多古蛋白分析研究，文章发得很好，但是当你去看原始数据的时候，有一个很有趣的现象，他们会给你一个矩阵，但是从来不告诉你每一个物种的蛋白序列初始的排布状态是什么样。

关键就在这里：做分析的时候，用什么样的方法去比对，得到的结果可能是完全不同的。

大家可能都以为，现在所谓的DNA或者古蛋白的片段，是从一个完整的蛋白质，水解开得到一个长链，其实根本不是。比如哈尔滨头骨，他们说得到88个蛋白质，其实它的氨基酸序列的总长度仅占这88个里面的10%左右。

拿这么短的片段来和一条很长的链去比对，这是很有技巧的，是用非常短的肽，然后去倒配已知的蛋白，当然就可能配出不同的结果来。

至于古DNA，也有类似的用短片段去排的问题。另外，尽管有一定的辨别古DNA的方法，但我认为污染的可能性仍比较大，对这样的分析保持谨慎的态度。

但将来如果能有更可靠的信息，我们是希望把所有的证据合到一起建系统树。

而且，还有一个关键点，大家可能都没有关注到，就是我们现在所说的古DNA也好，古蛋白也好，仅存在于三个类群里面，智人、尼人和所谓的丹尼索瓦人，化石年龄最古老的也就到40万年，而人类演化有两三百万年，如果从黑猩猩分异开始算的话，有六七百万年。那么，三四十万年的信息怎么建这样的系统树呢？

像郧县人这样100万年的化石，理论上是根本不可能找到DNA的。之前有人做过研究，当古DNA的片段经过100万年，理论上会缩短到只有一个碱基，一个碱基排到哪里都可以。所以，这是古DNA技术的一个瓶颈，是没有办法突破的。

观察者网：还有种研究人类演化的路径，就是从现代人广泛取样。这样既不需要假设化石特征的正态分布，也不需要纠结于短片段的匹配。

倪喜军：这是一个很好的问题。但如果要完全从当代人的基因出发，研究古人类的关系，有一个假设是现代人的基因组里，涵盖了从古至今所有人类物种的DNA片段，这种假设是非常致命的。

观察者网：嗯，倒不完全需要这样的假设，失去的基因可以放到一边，直接从当代人群间的亲缘关系，来倒推可能的演化过程。

倪喜军：但现在就只有一个物种啊，只有智人，怎么来分辨哪些是曾经灭绝了的古人类片段？更不要说已经消失了的片段。假定这些古老人类的片段都存在，怎么来区分哪些是祖先的呢？这就相当于你站在地上拉鞋带，能不能把自己提起来？在一个物种内部去讨论它的起源，不看到它外边的物种，实际上是没有办法做到的。

我们能做到的是什么呢？是用现代的种群遗传学的模型叫溯祖模型（coalescent）去推断，现在确实可以推到接近200万年。但这还是在现代人群内部，并不知道这是谁，以及谁是什么样的，只能说有这样的一个可能。在一个物种里，怎么建多个物种的系统树呢？

如果得到的结果是某一个人，跟别的人分离有200万年，这个结论本身就是错的，他可能是在某些片段跟你分离有200万年，并不代表他整个人跟你分离了那么久。所以没有办法得到结论说，某一个人群就是我们的老祖宗，或者跟我们老祖宗的亲缘关系更近。

我们只能做出现在人群间的关系。比如现在我们知道在巴布亚新几内亚的某些人群，是欧亚其他人群最“外边”的类型，跟其他人群分离的时间最早。

溯祖研究可以模拟到比如说80多万年的时候，发现大部分的片段都是出自非洲，这是没有疑问的。化石证据也支持，而且还更细致。根据化石证据，现代人（Homo sapiens）走出非洲其实有好几次。

分子生物学做不到的一点是，化石证据构建的系统树发现，现代人有可能不单是走出非洲，还有走入非洲，而且还不止一次。

基于现在的种群也没有办法做到这一点，只能推测那些古老的片段最大概率出现在哪个区域，或者只能推断一次进出，中间过程就分不出来。

观察者网：你们有没有把这次的方法用到其他物种上？如果只是确定了郧县人在谱系树上的位置，可能其他的还是会有比较大的不确定性。

倪喜军：我们这个系统树里面，其他的物种都没有变形这么厉害，原来的分析之所以没有包括郧县人，就是因为它能采集的数据太少了。

确实仍有这样的问题，有个别物种我们没有包括进来，原因也是由于因为有变形。当时没有办法知道，它变形到底是病理的原因，还是说复原的结果不好。

我们团队现在有学生就用这种方法，正在进行研究，就是用这样的方法拿过来再做一个检验，相对就比较简单了。

观察者网：也许还可以考虑用到人类之外的物种上，古生物学里化石的重建确实还是一个比较大的坎。

倪喜军：对，那也会很有意思。但这里有一个很巨大的挑战，就是我们之所以敢去说检验是合理的，因为它基于一个很大的矩阵，不仅包括了很多化石物种，同时还有很多测量的特征，六七百个这么多，所以可以去观察、分析。如果想复原一个没有这样矩阵的物种，就要从头开始建这样的矩阵。

观察者网：还是古人类学的基础比较好一点。

倪喜军：是我们团队的基础好，这个数据库完全是我们自己建的。

观察者网：这个数据库大概建了多少年啊？

倪喜军：如果从早期我在美国做博士后开始算的话，都将近20年了。

到2021年的时候，我们在MorphoBank上把数据都公开了，这篇文章的数据也已经公开了，是关于人类演化的形态特征矩阵的版本2，我们正在工作的还有版本3，我们在不断更新。更新到了一定程度我们就把它发表出来，让大家都可以用。

观察者网：那有没有别人用你们的数据库，来挑战你们关于是龙人支系或丹尼索瓦支系的观点？

倪喜军：现在还没有，因为这个这篇文章刚出来，但是你看这个关注度的话，它现在应该已经是《science》同期里边关注度最高的。

古人类的研究，当你方法得当，结论有意义，都会受到很大的这个关注。我们文章发表的附件里面，其实就包括了原始数据，我相信肯定会有学生拿过来算。

我们在国外上课时通常都是这样，尤其研究生的课，给你大量论文阅读作为课堂作业内容，然后让你再重新算数据。重新计算的话，就可以看看他们得到什么结论，也许还会加一点其他的类群，然后得到不同的结果，那我们是很欢迎，很高兴的。

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