观察者网：不过化石研究始终遇到的一个问题，就是有可能存在趋同演化的情况，或者说某些特征，可能只是表观遗传带来的，您如何看待这一问题呢？

倪喜军：趋同演化确实普遍存在，但你如何识别一个特征是趋同演化的呢？凭什么说一个特征是趋同的呢？

需要放在系统演化树上去看，这个特征到底是来源于共同祖先，还是在两个不同支系上分别出现的。所以我们要建系统演化树，来判断特征是某一个类群特有的特征，还是趋同的。

至于表观遗传（epigenetics），在现代生物学里面已经不是传统的观念。原来的表观遗传，是指在发育过程中，由于一个特征的发育导致另外一个特征随之改变，这样一个随机变化的小概率事件。

观察者网：那是不是指1940年代，瓦丁顿（Waddington）提出表观遗传的时候？他当时创造这个词，是扣合名词epigenesis。epigenesis是指在胚胎发育过程中，细胞从最初的全能状态逐渐分化的过程，即“后成说”，和主张一切从最初的胚胎就都有的“先成说”（preformationism）相对。

瓦丁顿提出的时候，是想构建一种理论模型，用来说明遗传成分如何与其环境相互作用以产生表型。不过当时的人，还不知道基因等等遗传学（genetics）概念。所以那时的epigenetics，似乎并不能像现在那样，去和genetics对应着看。

现在的“表观遗传学”，简单地说，应该就是研究各种不改变核基因组DNA序列本身的、可以传给或无法传给下一代的现象。

倪喜军：现在这个表观遗传学，更多指的是细胞质遗传。即在细胞质内部产生的这些特征，遗传到下一代，特别是在细胞质内部由于受到环境影响产生的、可以遗传的特征。而传统观念认为，这些特征是不可遗传的。

所以，当你提出化石上的特征可能是表观遗传的时候，其实有一个很重要的假设，即按照传统观点，这些特征是不可遗传的。

观察者网：现在是发现有一些表观遗传的特征，真的可以传递给下一代，但例子其实也不是很多？相对最基本的核基因组的遗传来说，还是比较零星的。

倪喜军：表观可遗传的例子已有很多，比如线粒体、细胞质遗传。这是现在很热门的一个领域，它是通过小RNA反作用于核基因，它就遗传下去，这就是所谓的获得性遗传。

最近一些年的生物学研究揭示，获得性遗传远远大于原来的想象。以前觉得细胞质遗传很不稳定，几代就没有了，或者说遗传下去的概率很小，现在看来其实比例还挺大的。

最典型的一个例子就是对病毒的适应。很多病毒在你感染后，其实做了一个插入片段，写到核里面去了。

回到化石的宏观形态上来讲的话，我们还要有另外一个最基本的假设，就是当你看到一个化石的话，它的所有形态，代表着一个当时群体的大多数情况，是它的一个稳定的状态。

观察者网：但肯定还是有很多随机性，就好像我们现在人类的头骨其实也是各种各样。

倪喜军：是的，这毫无疑问，但我说的前提是，它代表一个大多数的普通情况。特别偏的样子是小概率的。而化石的产生也是很小的概率，这样一叠加，概率就更小了。

统计学上，这样的小概率事件就很难发生，所以当你发现一件化石，它所表现出来的形态，最大的可能性就是代表了当时的大多数，而不是说极端的、个别的例子。

有了这样的假定之后，在现代古生物学中，基于少量化石就可以去构建整个演化树。演化树上每一个节点，它代表的那个化石的位置，并不是那一个点，它实际上是一个模糊范围，只是这个范围，刚好用那件化石的形态表现出来。

论文中的组间主成分分析，坐标轴旁的头骨代表主成分（PC）的极限形态

观察者网：是的，一般都默认接受这样正态分布的假设，不能是一个点。

您也关注过其他方面的研究，比如关于之前哈尔滨化石的研究，曾说“这些化石的肽序列过短，所谓的变异位点有多解性，不同的分析策略会得出不同的谱系树”。

那您觉得古DNA的检测，如果方法得当的话，有没有可能像这次对郧县人的研究那样，也通过假设一定比例错误的方式，或其他什么创新方式，得出稳定的谱系树？

倪喜军：关于哈尔滨化石，也就是龙人模式标本，古蛋白研究和古DNA研究是另外一个团队做的。但是，我们对数据进行了重新分析。

为什么要重新分析呢？你可能已经关注到，他们有一个核心的结论“龙人是丹尼索瓦人”。我认为，这本身是个噱头，因为我们刚才就提到过，可以说河南人、上海人，都是智人，但你不能说智人就是河南人或者上海人。龙人是正式命名的物种，而丹尼索瓦人只是一个人群的名称。如果他们的结果是正确的，就表明丹尼索瓦人是龙人。

观察者网：但在外界看来，这会不会只是个命名问题？就好像尼安德特人也有很多样本，只是用了其中一个地名，命名为尼安德特人，再定为尼安德特支系。如果丹尼索瓦人真的在龙人分支里面，命名为丹尼索瓦分支，似乎也不是那么奇怪？

倪喜军：这很奇怪，那名字就可以随便乱叫了，你今天叫丹尼索瓦支系，明天我叫金牛山支系。

观察者网：所以关键是要看这个分支里面，哪个最具有代表性，对吗？

倪喜军：那当然是龙人，因为龙人的最完整，对不对？

大家要有一个国际动物命名法规，要有统一的规范，当我在说一个物种的时候，这个物种应该是什么样子？它应该符合哪些规范来定义？

关于人类演化的研究里，曾经有很多很多的命名，那么真正符合国际动物命名法规的又是多少？你不能说我今天高兴，谁有名我就用谁。

另一方面，我们在构建时，管它叫龙人支系，但是我们并没有说，这项研究证明丹尼索瓦人是龙人这个物种。为什么是这样一个逻辑呢？因为现有的信息还不足以证明丹尼索瓦人就是龙人。