据台湾《联合晚报》报道，菲律宾公务船枪杀台湾渔民后，台湾地区领导人马英九11日晚召开高层会议，向菲律宾提出道歉、赔偿、惩凶等四要求，促菲方72小时内回应，否则将采取冻结菲劳等措施。

事件发生后，台湾岛内外同声谴责菲律宾公务船的野蛮行为，要求马英九方面对菲律宾展示其强硬态度，甚至出现了“不惜一战”的论调。而台湾外事部门亚太司长何登煌13日表示，在台湾当局对菲律宾发出“最后通牒”的当天，曾将台当局方面的做法以最急件通知美国。对此美国对于马英九提出的签订台菲渔业协定，非常支持，认为有助区域稳定。

遭扫射的台湾渔船“广大兴28”号

马英九的发言人李佳霏表示，从5月12日零时算起，72小时内若未获菲方正面响应，台湾当局将采取3项抗议措施，第一，冻结菲劳的申请；第二，召回台驻菲“代表”；第三，要求菲律宾驻台“代表”返回菲协助妥善处理本案。

台湾“海巡署”副署长王崇仪表示，未来在巴士海峡海域，台湾方面将会经常性的有三艘舰艇护渔，护渔范围仍在暂订执法线内，并未扩大。